数字报刊系统是一个复杂的系统，其核心是跨媒体出版暨数字报刊自动生成系统，在核心之外，还包括若干子系统：全文检索系统、阅读和评论系统、指向和导航系统、朗读系统、信息聚类加工系统、访问统计分析系统、广告位管理与发布系统。

在系统后台，还要实现与新闻采编系统、飞腾排版系统、畅流系统、渊博系统、企业信息门户系统、采编人员绩效考核系统、通讯员稿酬发放系统等的数据交换与系统关联，利用飞旋标引系统与翔宇网站内容管理系统实现数据生成，或者是挂接方正Apabi网络出版系统实现报刊合订本的自动生成。

此外，数字报刊系统还应该设计专门的数据发布与追加通道、数据纠正与变更程序、数据适应性定制工具等。