1、体制上新旧媒体“两张皮”。
“数字报纸”，应当建立在对传统报纸资源整合的基础上，而不是在平面媒体之外另搞一块。然而，一些媒体所办的网站与报纸，各成体系，不能有效进行“报网融合”，在新闻传播和经营上形不成合力。放弃、忽略平面媒体而专门去搞“数字报纸”，新闻网站就成了无源之水。一些媒体并没有把数字化纳入集团整体发展战略，缺乏发展新媒体的明确目标和规划。很多新闻网站只是报纸的翻版，作为报纸的一种附属品和辅助宣传工具存在。而报纸从业人员，对报纸数字化转型的认识，依旧很粗浅，并没有把它看作是一个决定报纸生死的大问题。
2、市场化运作机制缺位。
新闻网站和商业网站几乎同时起步，甚至报纸网站比新浪网的建立还早一年，但商业网站蓬勃发展，新闻网站却踯躅不前。其根本原因在于，商业网站从一开始就是按市场化、企业化运作，新闻网站设立的初衷只是占领网上舆论阵地，靠的是政策和“输血”，而不是在市场的大风大浪中打拼。很多新闻网站还都是事业单位下设的一个处室，存在着先天的体制惰性。商业网站可以通过期权等手段去激励管理层和骨干创业，而报纸新闻网站则怕有国有资产流失之嫌，不太敢让管理层持股，管理团队也缺乏创业的持久动力。
3、盈利模式模糊不清。
很多报纸新闻网站基本上是被母媒体养着，没有内在的盈利驱动和外在的竞争压力，导致经营意识淡薄，市场竞争观念差，甚至只讲投入不讲产出，盈利模式模糊或压根就没有盈利概念。同时，新闻网站的依附状态，也使自身的独立运营受到限制，难以挖掘自身潜能。传统盈利模式失灵。
4、Web2．0 时代与微博的竞争。
近两年来微博迅速崛起，吸引了众多的用户，甚至出现了“微博控”这一用来形容微博狂热追随者的网络名词。微博与网站、手机报等媒体相比具有更强的交互性，更强的平民化使它更接近受众，对信息的发布者没有特殊限制，人人都可以是新闻信息的发布者，使之成为许多重大新闻的首发平台。
例如“7·23”温州动车事故发生后，由于微博用户“Smm＿苗”的一条微博让事故消息最先在互联网上曝光。随后又有众多网友通过微博平台对援救进度进行现场“直播”，以及发布寻找遇难者的信息。微博受到追捧的同时，网络新闻用户数量却在不断缩减，网络新闻的使用率从2009 年最高峰时的78．7％逐年下降至71．5％。现在许多新闻网站也注册了自己的官方微博账户，借助这一平台发布重大新闻简报。可以说，数字报纸的传播环境正在发生转变。
